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故事主要衔接《顶楼2》的剧情，在《顶楼2》大结局，以周丹泰为首的几个恶人们都被关进了监狱。其中千千和朱丹泰最为惨烈，不愧是夫妻。在监狱中都十分傲慢，嚣张又疯狂，可以说是十分登对了！他们两位分别以装疯，自残的方式逃离监狱。
进了监狱后，狱霸让千老师给她唱歌，千瑞珍不愿意，狱霸只好自己唱歌。她当然没有那么好心，自己唱到“啊”时，每转一个高音，就让两名“助手”打千书真，这两个“助手”还是千老师的熟人，画面又惨又好笑。
为了生存，千千秒变“干饭人”，和妈宝男老婆抢肉吃，向在监狱中捞到“送饭”油差的允熙低头。为了出狱，她想尽办法，装疯卖傻，大半夜唱歌，还用头撞墙，被送到医务室也是胡言乱语，大家都觉得她精神出了问题。
最后她提前出狱，可刚走出监狱大门就被吴允熙和申秀莲绑走，一不小心被推进了河里。朱丹泰用自残逃离了监狱后炸死了洛根李，最后通过一系列的手段从无期徒刑到出狱，而千瑞珍当天就被沈秀莲与吴允熙一同带走，还把她推入了河中。
秀莲不仅没有发现那个放炸弹的捡破烂老人是周丹泰伪装的，居然还把嫌疑锁定在千千身上。插句话，秀莲和吴允熙敢在监狱门口直接绑人，这胆子着实不小。
周锡京还是一如既往地蠢、坏、恶毒，因为秀莲不愿意将原本属于裴露娜的首尔音大推荐信给自己，感情又偏向了朱丹泰，以肉眼可见的速度在黑化。感觉周锡京不是只想要偏爱那么简单，这个角色从来都是见不得别人好。
还有网友吐槽沈秀莲太圣母，对杀人犯女儿露娜这么好，不偏袒周锡京？说得好像周锡京不是杀人犯女儿一样，别忘了她爹可是猪蛋挞！雪雅的亲生父亲不是被猪蛋挞虐杀的？洛根不是被猪蛋挞炸死的？
秀莲从来没有因为猪蛋挞迁怒过周锡京。至少露娜主观上从来都没有害过雪雅，周锡京不仅污蔑、校园暴力过雪雅，还眼睁睁看着雪雅被关车里要被烧死。后续还有全员洗白出狱的情节。
播出到这里已经明面上死了两个人，一个是被炸死的洛根李，一个是被推入河里的千瑞珍。不过在豆瓣的剧情介绍中，洛根李没有死，千瑞珍这样重要的人物肯定也不会死。
《顶楼》里的人物，死了之后都能复活，露娜复活了，秀莲复活了，洛根李也复活了，就连罗爱乔也可能要复活了！可伶的闵雪雅，只有她死去了。
为什么说说罗爱乔也可能复活了呢？在预告片中有这样一句话，“你还觉得我是沈秀莲吗？”
第一集除了交代他们入狱后的事情，还有一位重要人物的登场。到第二季大结局的时候编剧才交代清楚，原来刘东弼是替周丹泰入狱的，两个人一直都是上下级的关系。
再加上第二季中珍妮因为母亲坐牢而记恨秀莲等人，这一家人是否会继续搞事情，就成了《顶楼3》最大的看点。虽然在第一集中没有出现恩星，但是在第二季结局恩星的老师的身份成谜团，她纠结是不是好人，这也将在这一季的故事中展开。
